内視鏡検査で胃に病変が発見されると、生検といってその部位から少量の組織を採取して、異常の原因を明らかにするためにそれを顕微鏡で観察して診断し、これを病理組織診断といいますが、必要があればその診断に基づいて今後の治療方針が決定されます。

内視鏡検査で採取した生検組織を、病理組織診断を行う病理医が顕微鏡で観察できる様な標本（病理標本）にするためには、固め（固定）、薄く切り（薄切）、色を付ける（染色）という操作が必要です。病理標本は検査技師が作成していますが、標本ができあがるまでには数日を要します。完成された標本を病理医は、顕微鏡で観察（鏡検）して得た情報（組織所見）に基づき病理組織診断を下し、担当医に報告書を提出します。

生検組織の場合、病理医が病理組織診断を下すのに通常で 1～2 日を要しますが、診断が難しい症例の場合には特別な染色を行って調べることがあり、この場合には更に数日が必要です。また、病院や検査を受診された施設に常勤や非常勤でも病理医のいない場合には、病理医のいる施設に病理標本を送って病理組織診断を得なければならないので、更に数日がかかります。いろいろな条件によって異なりますが、病理組織診断が臨床医に報告されるまでには、ほとんどの場合2週間あれば十分であると考えられています。